Het Zuid-Soedanees voetbalelftal onder 20 is het nationale voetbalteam voor spelers onder 20 van Zuid-Soedan en wordt gecontroleerd door de South Sudan Football Association. Het team vertegenwoordigt het land in internationale wedstrijden op U-20-niveau en is aangesloten bij de Confederation of African Football (CAF).

Het Zuid-Soedanees voetbalelftal onder 20 heeft nog nooit deelgenomen aan een FIFA Wereldkampioenschap voetbal onder 20. Het team heeft ook nog nooit deelgenomen aan de CAF U-20 Africa Cup of Nations.

De huidige hoofdcoach van het Zuid-Soedanese voetbalelftal onder 20 is Nassim Abdullah.