FC Zenit Tallinn is een Estse voetbalclub uit Tallinn. De club werd opgericht in 1997 en speelt zijn thuiswedstrijden in het Haapsalu Linnastaadion. Zenit Tallinn komt uit in de Meistriliiga, de hoogste voetbaldivisie van Estland. De club won één keer de Estse beker, in 2010.