Carl Zeiss Jena II is het reserveteam van de Duitse voetbalclub FC Carl Zeiss Jena. Het team speelt in de Oberliga Nordost (Süd), de vijfde klasse van het Duitse voetbalsysteem.

Carl Zeiss Jena II werd in 1966 opgericht als SC Motor Jena II. Na de Duitse hereniging in 1990 werd de club omgedoopt tot FC Carl Zeiss Jena II.

De club heeft nog nooit op het hoogste niveau van het Duitse voetbal gespeeld. Het beste resultaat was de tweede plaats in de DDR-Liga (de tweede klasse van het Oost-Duitse voetbalsysteem) in 1969.

Carl Zeiss Jena II speelt zijn thuiswedstrijden in het Ernst-Abbe-Sportfeld in Jena. Het stadion heeft een capaciteit van 12.000 toeschouwers.

De huidige trainer van Carl Zeiss Jena II is René van Eck.